स्वातंत्र्य आणि भारताची फाळणी इ.स. १९४६ मधील ब्रिटिश कॅबिनेट मिशनच्या शिफारशी नामंजूर करण्याची सूचना गांधीजींनी काँग्रेसला दिली. या शिफारशींमधील मुस्लिम बहुसंख्य राज्यांच्या एकत्रीकरणाबद्दल गांधीजी साशंक होते. त्यांच्या मते ही फाळणीची नांदी होती. पण जरी पक्ष गांधीजींचा सल्ला खचितच मानत असे, तरी यावेळी मात्र त्यांनी हा सल्ला मानला नाही. कारण पंडित नेहरू आणि पटेलांना माहित होते की जर ब्रिटिशांच्या शिफारशी मान्य नाही केल्या तर राज्य कारभाराचे नियंत्रण मुस्लिम लीग कडे जाईल. इ.स. १९४६ आणि इ.स. १९४८ च्या दरम्यान ५,००० हून जास्त व्यक्ती दंगलींमध्ये मारले गेले. गांधीजींनी अशा प्रत्येक योजनेचा जोरदार विरोध केला जी भारताची फाळणी दोन राष्ट्रांत करेल. भारतातील बहुसंख्य मुस्लिम, जे हिंदू आणि शिखांच्या सोबत राहत होते, ते फाळणीला अनुकुल होते.[ संदर्भ हवा ] अजून म्हणजे, मुस्लिम लीगचे नेते, मोहम्मद अली जिना यांना, पश्चिम पंजाब, सिंध, उत्तर-पश्चिम फ्रंटियर प्रांत आणि पूर्व बंगालमध्ये बराच पाठिंबा होता.[ संदर्भ हवा ] हिंदू-मुस्लिमांमधील अंतर्गत युद्ध टाळण्याचा एकमेव मार्ग म्हणून काँग्रेसने फाळणीच्या आराखड्याला मान्यता दिली. काँग्रेस नेत्यांना माहित होते की गांधीजी फाळणीला तीव्र विरोध करतील आणि गांधीजींच्या पक्षातील आणि देशातील पाठिंब्यामुळे त्यांच्या अनुमतीशिवाय पुढे जाता येणार नाही. गांधीजींच्या निकटच्या सहकार्‍यांनी फाळणीचा (त्या परिस्थितीतील) सर्वोत्तम पर्याय म्हणून स्विकार केला होता. सरदार पटेलांनी गांधीजींना पटवून देण्याचा प्रयत्‍न केला की, फाळणी हा अंतर्गत युद्ध टाळण्यासाठी एकमेव पर्याय आहे. शेवटी उद्ध्वस्त गांधीजींनी आपली अनुमती दिली. त्यांनी उत्तर भारतातील तसेच बंगालमधील प्रक्षुब्ध जमावाला शांत करण्यासाठी हिंदू आणि मुस्लिम समाजातील नेत्यांसोबत दीर्घ चर्चा केल्या. इ.स. १९४७च्या भारत-पाकिस्तान युद्धाच्या पार्श्वभूमीवरदेखील, भारत सरकारचा फाळणी करारानुसार ठरलेले ५५ कोटी रूपये पाकिस्तानला न देण्याचा निर्णय त्यांना आवडला नाही. सरदार पटेलांसारख्या नेत्यांना वाटत होते की, या पैशांचा उपयोग पाकिस्तान युद्धासाठी भांडवल पुरवण्यासाठीच करेल. सर्व मुस्लिमांना पाकिस्तानात पाठवून द्यावे या मागणीने परत जोर पकडला होता. तसेच हिंदू आणि मुस्लिम नेते एकमेकांना समजून घेण्यात असमर्थता दाखवीत होते.[१५] या सर्व कारणांनी गांधीजी अत्यंत व्यथित झाले होते. त्यांनी या दंगली बंद करण्याच्या आणि पाकिस्तानला ५५ कोटी देण्याच्या मागणीसाठी आमरण उपोषण चालू केले. गांधीजींना भीती वाटत होती की, पाकिस्तानमधील अस्थिरतेमुळे आणि असुरक्षिततेमुळे तेथील लोकांचा भारताबद्दलचा राग वाढेल आणि या दंगली देशाच्या सीमा ओलांडून जातील, तसेच हिंदू आणि मुस्लिमांमधील शत्रुत्व परत डोके वर काढील आणि त्याची परिणिती अंतर्गत बंडात होईल. त्यांच्या आयुष्यभराच्या सहकार्‍यांसोबतच्या अनेक वादविवादांनंतरही गांधीजी आपल्या निर्णयावरून मागे हटले नाहीत आणि शेवटी सरकारने आपला निर्णय मागे घेतला आणि पाकिस्तानला ५५ कोटी रूपये दिले. राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ, अखिल भारतीय हिंदू महासभा यांचे नेते यांचे तसेच अन्य हिंदू नेते, मुस्लिम नेते व शीख नेते यांनी हा हिंसाचार थांबवण्याचे आणि लोकांकडून शांतता राखण्याची मागणी करण्याचे वचन दिले. यानंतर गांधीजींनी संत्र्याचा रस पिऊन आपले उपोषण सोडले.[१६] मृत्यू वर्ध्याच्या आश्रमात कुष्ठरोगाच्या जंतूंचे अध्ययन करताना गांधी. १९४० ३० जानेवारी १९४८ ला, दिल्लीच्या बिर्ला भवनच्या बागेतून लोकांबरोबर फिरत असतांना गांधीजींची गोळी मारून हत्या करण्यात आली. त्यांचा मारेकरू नथुराम गोडसे हा एक पुरोगामी हिंदू होता व त्याचे संबंध जहालमतवादी हिंदू महासभेशी होते. त्याच्या मते पाकिस्तानला पैसे देऊन भारताला दुबळे पाडण्यासाठी गांधीजी जबाबदार होते.[१७] गोडसे आणि त्याचा सहकारी नारायण आपटे यांच्यावर खटला दाखल करून त्यांना दोषी ठरवण्यात आले. त्यांना १५ नोव्हेंबर १९४९ ला फाशी देण्यात आली. गांधीजींच्या राजघाट येथील समाधीवर ’हे राम’ असे लिहिले आहे. हे त्यांचे शेवटचे शब्द होते असे अनेक जण मानतात, पण त्याची सत्यासत्यता वादग्रस्त आहे.[१८] गांधीजींच्या मृत्यूनंतर पंडित जवाहरलाल नेहरूंनी रेडियोवरून देशाला संबोधित केले: "माझ्या मित्र आणि सहकार्‍यांनो, आपल्या आयुष्यातून प्रकाश निघून गेला आहे आणि सर्वत्र अंधाराचे साम्राज्य पसरले आहे आणि मला कळत नाही आहे तुम्हाला काय आणि कसे सांगावे. आपले आवडते नेते-राष्ट्रपिता, ज्यांना आपण प्रेमाने ’बापू’ म्हणत असू, आता आपल्यामध्ये नाही आहेत. कदाचित तसे म्हणणे चूकच ठरेल, पण आपण त्यांना आता बघू शकणार नाहीत, जसे आपण त्यांना इतके वर्ष बघत आलो आहोत. (संकटांमध्ये) त्यांचा सल्ला घ्यायला आपण